Оба слова являются правильными, но употребляются в разных значениях:
Кровля — верхнее покрытие крыши, защищающее здание от атмосферных осадков. Может быть выполнена из различных материалов, таких как металл, черепица, шифер и т.д.
Крыша — вся верхняя часть здания, включая конструкцию, кровлю и элементы отделки (например, фронтоны, водосточные трубы).